删除不再使用的bootstrap.md文件，更新promptx.js、MCPStreamableHttpCommand.js等文件以使用logger进行日志记录，重构资源管理和发现逻辑，确保代码一致性和可维护性。

src/lib/core/pouch/commands/InitCommand.js

@@ -1,7 +1,10 @@
 const BasePouchCommand = require('../BasePouchCommand')
-const { ResourceManager } = require('../../resource')
+const { getGlobalResourceManager } = require('../../resource')
 const { COMMANDS } = require('../../../../constants')
 const PromptXConfig = require('../../../utils/promptxConfig')
+const RegistryData = require('../../resource/RegistryData')
+const ProjectDiscovery = require('../../resource/discovery/ProjectDiscovery')
+const logger = require('../../../utils/logger')
 const path = require('path')
 const fs = require('fs-extra')
 
@@ -12,11 +15,13 @@ const fs = require('fs-extra')
 class InitCommand extends BasePouchCommand {
   constructor () {
     super()
-    this.resourceManager = new ResourceManager()
+    // 使用全局单例 ResourceManager
+    this.resourceManager = getGlobalResourceManager()
+    this.projectDiscovery = new ProjectDiscovery()
   }
 
   getPurpose () {
-    return '初始化PromptX工作环境，创建必要的配置目录和文件'
+    return '初始化PromptX工作环境，创建必要的配置目录和文件，生成项目级资源注册表'
   }
 
   async getContent (args) {
@@ -28,6 +33,12 @@ class InitCommand extends BasePouchCommand {
     // 2. 基础环境准备 - 只创建 .promptx 目录
     await this.ensurePromptXDirectory(workspacePath)
 
+    // 3. 生成项目级资源注册表
+    const registryStats = await this.generateProjectRegistry(workspacePath)
+
+    // 4. 刷新全局 ResourceManager（确保新资源立即可用）
+    await this.refreshGlobalResourceManager()
+
     return `🎯 PromptX 初始化完成！
 
 ## 📦 版本信息
@@ -37,13 +48,68 @@ class InitCommand extends BasePouchCommand {
 ✅ 创建了 \`.promptx\` 配置目录
 ✅ 工作环境就绪
 
+## 📋 项目资源注册表
+${registryStats.message}
+
 ## 🚀 下一步建议
 - 使用 \`hello\` 发现可用的专业角色
 - 使用 \`action\` 激活特定角色获得专业能力  
 - 使用 \`learn\` 深入学习专业知识
 - 使用 \`remember/recall\` 管理专业记忆
 
-💡 **提示**: 现在可以开始使用专业角色系统来增强AI能力了！`
+💡 **提示**: ${registryStats.totalResources > 0 ? '项目资源已优化为注册表模式，性能大幅提升！' : '现在可以开始创建项目级资源了！'}`
+  }
+
+  /**
+   * 生成项目级资源注册表
+   * @param {string} workspacePath - 工作目录路径
+   * @returns {Promise<Object>} 注册表生成统计信息
+   */
+  async generateProjectRegistry(workspacePath) {
+    try {
+      // 1. 获取项目根目录
+      const projectRoot = await this.projectDiscovery._findProjectRoot()
+      
+      // 2. 确保 .promptx/resource/domain 目录结构存在
+      const resourceDir = path.join(projectRoot, '.promptx', 'resource')
+      const domainDir = path.join(resourceDir, 'domain')
+      
+      await fs.ensureDir(domainDir)
+      logger.debug(`[InitCommand] 确保目录结构存在: ${domainDir}`)
+
+      // 3. 使用 ProjectDiscovery 的正确方法生成注册表
+      logger.step('正在扫描项目资源...')
+      const registryData = await this.projectDiscovery.generateRegistry(projectRoot)
+      
+      // 4. 生成统计信息
+      const stats = registryData.getStats()
+      const registryPath = path.join(projectRoot, '.promptx', 'resource', 'project.registry.json')
+
+      if (registryData.size === 0) {
+        return {
+          message: `✅ 项目资源目录已创建，注册表已初始化
+   📂 目录: ${path.relative(process.cwd(), domainDir)}
+   💾 注册表: ${path.relative(process.cwd(), registryPath)}
+   💡 现在可以在 domain 目录下创建角色资源了`,
+          totalResources: 0
+        }
+      }
+
+      return {
+        message: `✅ 项目资源注册表已重新生成
+   📊 总计: ${registryData.size} 个资源
+   📋 分类: role(${stats.byProtocol.role || 0}), thought(${stats.byProtocol.thought || 0}), execution(${stats.byProtocol.execution || 0}), knowledge(${stats.byProtocol.knowledge || 0})
+   💾 位置: ${path.relative(process.cwd(), registryPath)}`,
+        totalResources: registryData.size
+      }
+      
+    } catch (error) {
+      logger.error('生成项目注册表时出错:', error)
+      return {
+        message: `❌ 生成项目注册表失败: ${error.message}`,
+        totalResources: 0
+      }
+    }
   }
 
   /**
@@ -56,6 +122,24 @@ class InitCommand extends BasePouchCommand {
     await config.ensureDir()
   }
 
+  /**
+   * 刷新全局 ResourceManager
+   * 确保新创建的资源立即可用，无需重启 MCP Server
+   */
+  async refreshGlobalResourceManager() {
+    try {
+      logger.debug('[InitCommand] 刷新全局 ResourceManager...')
+      
+      // 重新初始化 ResourceManager，清除缓存并重新发现资源
+      await this.resourceManager.initializeWithNewArchitecture()
+      
+      logger.debug('[InitCommand] 全局 ResourceManager 刷新完成')
+    } catch (error) {
+      logger.warn(`[InitCommand] 刷新 ResourceManager 失败: ${error.message}`)
+      // 不抛出错误，避免影响 init 命令的主要功能
+    }
+  }
+
   /**
    * 获取版本信息
    */
@@ -71,7 +155,7 @@ class InitCommand extends BasePouchCommand {
         return `${baseVersion} (${packageName}@${baseVersion}, Node.js ${nodeVersion})`
       }
     } catch (error) {
-      console.warn('⚠️ 无法读取版本信息:', error.message)
+      logger.warn('无法读取版本信息:', error.message)
     }
     return '未知版本'
   }
@@ -102,6 +186,8 @@ class InitCommand extends BasePouchCommand {
       }
     }
   }
+
+
 }
 
 module.exports = InitCommand