删除不再使用的bootstrap.md文件，更新promptx.js、MCPStreamableHttpCommand.js等文件以使用logger进行日志记录，重构资源管理和发现逻辑，确保代码一致性和可维护性。

src/lib/core/resource/resourceManager.js

@@ -1,7 +1,9 @@
 const fs = require('fs')
 const ResourceRegistry = require('./resourceRegistry')
+const RegistryData = require('./RegistryData')
 const ResourceProtocolParser = require('./resourceProtocolParser') 
 const DiscoveryManager = require('./discovery/DiscoveryManager')
+const logger = require('../../utils/logger')
 
 // 导入协议处理器
 const PackageProtocol = require('./protocols/PackageProtocol')
@@ -13,7 +15,9 @@ const KnowledgeProtocol = require('./protocols/KnowledgeProtocol')
 
 class ResourceManager {
   constructor() {
-    this.registry = new ResourceRegistry()
+    // 使用新的RegistryData替代旧的ResourceRegistry
+    this.registry = new ResourceRegistry() // 保持向后兼容
+    this.registryData = RegistryData.createEmpty('merged', null) // 新的v2.0注册表
     this.protocolParser = new ResourceProtocolParser()
     this.parser = new ResourceProtocolParser() // 向后兼容别名
     this.discoveryManager = new DiscoveryManager() // 新发现管理器
@@ -43,23 +47,58 @@ class ResourceManager {
    */
   async initializeWithNewArchitecture() {
     try {
-      // 1. 直接发现并注册资源（无需中间合并步骤）
+      // 1. 清空现有注册表（支持重新初始化）
+      this.registry.clear()
+      this.registryData.clear()
+
+      // 2. 清除发现器缓存
+      if (this.discoveryManager && typeof this.discoveryManager.clearCache === 'function') {
+        this.discoveryManager.clearCache()
+      }
+
+      // 3. 直接发现并注册资源到旧的ResourceRegistry（保持向后兼容）
       await this.discoveryManager.discoverAndDirectRegister(this.registry)
 
-      // 2. 为逻辑协议设置注册表引用
+      // 4. 同时填充新的RegistryData
+      await this.populateRegistryData()
+
+      // 5. 为逻辑协议设置注册表引用
       this.setupLogicalProtocols()
 
-      // 3. 设置初始化状态
+      // 6. 设置初始化状态
       this.initialized = true
 
       // 初始化完成，不输出日志避免干扰用户界面
     } catch (error) {
-      console.warn(`[ResourceManager] New architecture initialization failed: ${error.message}`)
-      console.warn('[ResourceManager] Continuing with empty registry')
+      logger.warn(`ResourceManager new architecture initialization failed: ${error.message}`)
+      logger.warn('ResourceManager continuing with empty registry')
       this.initialized = true // 即使失败也标记为已初始化，避免重复尝试
     }
   }
 
+  /**
+   * 填充新的RegistryData
+   */
+  async populateRegistryData() {
+    // 清空现有数据
+    this.registryData.clear()
+    
+    // 从各个发现器获取RegistryData并合并
+    for (const discovery of this.discoveryManager.discoveries) {
+      try {
+        if (typeof discovery.getRegistryData === 'function') {
+          const registryData = await discovery.getRegistryData()
+          if (registryData && registryData.resources) {
+            // 合并资源到主注册表
+            this.registryData.merge(registryData, true) // 允许覆盖
+          }
+        }
+      } catch (error) {
+        logger.warn(`Failed to get RegistryData from ${discovery.source}: ${error.message}`)
+      }
+    }
+  }
+
   /**
    * 为逻辑协议设置注册表引用
    */
@@ -116,33 +155,53 @@ class ResourceManager {
 
   async loadResource(resourceId) {
     try {
-      // 每次都刷新资源（无状态设计）
-      await this.refreshResources()
+      // 不再每次刷新资源，依赖初始化时的资源发现
       
       // 处理@!开头的DPML格式（如 @!role://java-developer）
       if (resourceId.startsWith('@!')) {
         const parsed = this.protocolParser.parse(resourceId)
-        const logicalResourceId = `${parsed.protocol}:${parsed.path}`
         
-        // 从注册表查找对应的@package://引用
-        const reference = this.registry.get(logicalResourceId)
-        if (!reference) {
-          throw new Error(`Resource not found: ${logicalResourceId}`)
+        // 从新的RegistryData查找资源
+        const resourceData = this.registryData.findResourceById(parsed.path, parsed.protocol)
+        if (!resourceData) {
+          throw new Error(`Resource not found: ${parsed.protocol}:${parsed.path}`)
         }
         
         // 通过协议解析加载内容
-        const content = await this.loadResourceByProtocol(reference)
+        const content = await this.loadResourceByProtocol(resourceData.reference)
         
         return {
           success: true,
           content,
           resourceId,
-          reference
+          reference: resourceData.reference
         }
       }
       
       // 处理传统格式（如 role:java-developer）
-      const reference = this.registry.get(resourceId)
+      // 先尝试从新的RegistryData查找
+      let reference = null
+      
+      // 如果包含协议前缀（如 thought:remember）
+      if (resourceId.includes(':')) {
+        const [protocol, id] = resourceId.split(':', 2)
+        const resourceData = this.registryData.findResourceById(id, protocol)
+        if (resourceData) {
+          reference = resourceData.reference
+        }
+      } else {
+        // 如果没有协议前缀，尝试查找任意协议的资源
+        const resourceData = this.registryData.findResourceById(resourceId)
+        if (resourceData) {
+          reference = resourceData.reference
+        }
+      }
+      
+      // 如果新的RegistryData中没找到，回退到旧的registry
+      if (!reference) {
+        reference = this.registry.get(resourceId)
+      }
+      
       if (!reference) {
         throw new Error(`Resource not found: ${resourceId}`)
       }
@@ -216,8 +275,7 @@ class ResourceManager {
   // 向后兼容方法
   async resolve(resourceUrl) {
     try {
-      // 每次都刷新资源（无状态设计）
-      await this.refreshResources()
+      // 不再每次刷新资源，依赖初始化时的资源发现
       
       // Handle old format: role:java-backend-developer or @package://...
       if (resourceUrl.startsWith('@')) {
@@ -275,7 +333,7 @@ class ResourceManager {
       
       // 无状态设计：不设置initialized标志
     } catch (error) {
-      console.warn(`[ResourceManager] Resource refresh failed: ${error.message}`)
+      logger.warn(`ResourceManager resource refresh failed: ${error.message}`)
       // 失败时保持注册表为空状态，下次调用时重试
     }
   }